Sesuai dengan pedoman program Merdeka Belajar-Kampus Merdeka (MBKM), terdapat berbagai jenis kegiatan pembelajaran yang dapat dilakukan mahasiswa di luar program studinya, seperti: pertukaran mahasiswa, magang/praktik kerja, asistensi mengajar di suatu satuan pendidikan, penelitian/riset di suatu instansi/ institusi, melakukan proyek kemanusiaan, kegiatan wirausaha, studi/proyek independen, atau membangun desa/kuliah kerja nyata tematik. Kegiatan pembelajaran tersebut akan dikonversi dalam struktur mata kuliah program studi yang telah menjadi program MBKM pada Semester 5, 6 dan 7, dengan dosen pengampu mata kuliah.

Maka untuk mendukung program MBKM Fakultas Tarbiyah IAIN Kudus melakukan kemitraan dengan berbagai perguruan tinggi di UIN Sunan Kalijaga pada tanggal 9-10 Nopember 2021, dengan total kemitraan ada 27 perguruan tinggi sebagian besar di bawah kementerian agama dan beberapa di bawah kementerian pendidikan dan kebudayaan. Sambutan Rektor UIN Sunan Kalijaga Prof. Dr. Phil. Al Makin, MA memberikan sambutan bahwa Program MBKM memberikan tujuan utama mengembangkan kekhasan dan keunggulan program studi di masing-masing perguruan tinggi, bukan untuk menseragamkan program studi. Selamat datang untuk berkolaborasi, kami rumah untuk semua golongan, madzhab, etnis dan agama.

Fakultas Tarbiyah dalam kesempatan ini mengirimkan perwakilan untuk menandatangai perjanjian kersama antar fakultas perguruan tinggi keagamaan diantaranya H Zaenal Khafidin, M. Ag, Amin Nasir, S.S, MSi, Riza Zahriyal Falah, M.Pd.I, Yusuf Falaq, M.Pd dan Didi Nur Jamaludin, M.Pd. Ada poin utama yang menjadi catatan penting bahwa semester 5 dan 6, mahasiswa sudah diberi kesempatan mengikuti program pertukaran mahasiswa untuk mengambil mata kuliah di luar perguruan tinggi dengan sistem kuota, asumsi pembelajaran secara bauran (blended) dan memperhatikan keselarasan mata kuliah dari program studi asal. Mitra MBKM juga memiliki kesempatan untuk mengembangkan kegiatan lainnya seperti melakukan kolaborasi penelitian dan melakukan proyek kemanusiaan. Adapun untuk teknis pelaksanaan akan dibahas lebih lanjut antar fakultas pada  mitra implimentasi program MBKM.